当投稿时医学论文格式不符合要求，可按以下步骤处理：

仔细研读期刊要求

通常期刊会在其官方网站的 “作者须知”“投稿指南” 等板块详细说明论文格式要求，需仔细对照，明确字体、字号、行距、页边距、参考文献格式等具体规范。

注意不同期刊对图表、数据、结构式摘要等可能有独特要求，比如有些期刊要求图表单独提供高清文件，且对图表的分辨率、标注等有细致规定。

调整内容格式

正文格式：按照要求调整字体、字号、行距等。一般中文医学论文正文常用宋体或楷体，小四号字，1.5 倍行距；英文论文常用 Times New Roman 字体，12 号字，1.5 倍行距。同时，注意段落缩进、对齐方式等要统一。

标题与层级：确保标题、各级标题的格式正确。主标题一般用二号或三号字，加粗；一级标题通常用四号字，加粗；二级及以下标题根据期刊要求适当调整字号和字体，一般比上一级标题小一号字，可采用加粗或不加粗的形式，以体现层次结构。

参考文献：参考文献格式是常见的问题点，不同期刊遵循的标准不同，如温哥华格式、APA 格式、MLA 格式等。需严格按照目标期刊要求的格式进行调整，包括文献的著录顺序、标点符号、缩写规则等。

处理图表与数据

图表规范：检查图表的清晰度、分辨率是否符合要求，图表的标题、标注、坐标轴标签等是否完整、准确。若图表是引用他人的，要确保获得了相应的授权，并按照期刊要求进行标注和说明。

数据呈现：数据表格的格式要规范，表头清晰，行列对齐，数字的精度和单位要统一。对于复杂的数据，可考虑用图表进行更直观的展示，同时要在正文中对数据进行适当的分析和解释。

检查与校对

全文通读：完成格式调整后，对论文进行全文通读，检查是否存在遗漏的格式问题，以及格式调整过程中是否产生了新的错误，如文字排版错乱、图表丢失等。

利用工具：可以使用文字处理软件的拼写检查、语法检查功能，辅助查找可能存在的错误。一些专业的论文校对工具也能帮助检测格式和内容方面的问题。

寻求帮助

咨询期刊编辑：若对某些格式要求仍不明确，可直接联系期刊编辑，礼貌地询问相关问题，确保自己的理解和操作正确。

求助导师或同行：向导师、有经验的同行请教，他们可能在论文投稿方面有丰富的经验，能够提供宝贵的建议和指导，帮助发现一些自己未注意到的问题。

专业编辑服务：还可以考虑寻求专业的医学论文编辑服务，他们熟悉各种期刊的格式要求，能够提供全面的格式调整和优化服务，提高论文的质量和投稿成功率。