首先得把因果关系的前提条件搞清楚。
一方面要明确研究对象和范围。比如说，要是研究一种新的教学方法对学生成绩的影响，那就得说清楚是针对哪个学科的，是数学、语文还是其他学科；还要明确是哪个年龄段或者哪种学习水平的学生，比如是小学低年级、高年级，还是初中、高中的学生。要是研究范围定的是初中二年级的数学学科，那在分析的时候，就不能把其他年级或者其他学科的数据加进来，不然就会把因果关系搞乱。
另一方面，得保证变量能测量，而且定义要清晰。就像研究广告投放对产品销量的影响，“广告投放” 这个变量可以从广告投放的金额来衡量，就是在一定时间里，花在各种广告渠道上的钱数，包括制作广告花的钱和把广告放出去的钱；也可以从投放的渠道数量来看，比如在电视、报纸、网络等多少个渠道上做了广告；还能从投放的时间长度来考虑，像广告播了一个月还是三个月。“产品销量” 呢，可以用卖出去的产品数量来算，也可以用销售额来衡量。同时，要把这些变量的意思说清楚，比如 “广告投放金额” 具体都包括哪些钱，得有个明确的说法。
接着要建立合理的因果假设。
这得根据已有的理论和对相关文献的回顾来做。比如研究企业创新投入和企业绩效之间的因果关系，先看看创新经济学里的理论，像熊彼特的创新理论，这个理论讲创新对企业发展和经济增长很重要。然后再去查以前的研究文献，看看别的学者在这方面发现了啥规律，是怎么说创新投入和企业绩效之间的联系的。要是很多文献都显示创新投入多能让企业绩效变好，那在自己的研究里，就可以提出一个合理的假设，就是企业创新投入增加，企业绩效就会提高。
而且不能只想到一种简单的因果假设，要把多种可能的情况都考虑到。就像研究员工满意度和工作绩效的关系，可能有三种情况：一是员工满意度提高了，工作绩效就跟着上去了（这是正向因果关系）；二是工作绩效好了，员工满意度才增加（这是反向因果关系）；三是还有其他因素，像好的工作环境、合理的工资制度等，同时影响着员工满意度和工作绩效（这是复杂的多因素因果关系）。
然后就是要收集可靠的数据。
得选对数据收集的方法。要是研究消费者购买行为和品牌忠诚度之间的因果关系，可能得问卷调查、访谈和查看消费行为记录这几种方法一起用。通过问卷调查，了解消费者对品牌的看法、态度和想买的意愿；通过访谈，深入问问消费者是怎么决定买东西的；通过查看消费行为记录，知道消费者实际买东西的次数和花了多少钱。
收集数据的时候，还要保证数据的质量。数据准不准、全不全、是不是一致，都很重要。比如做问卷调查，问题得设计好，不能模糊不清，也不能引导消费者回答，这样才能保证回答是准的。要是有数据缺了，得用合适的办法处理，比如把缺太多数据的样本去掉，或者用别的方法把数据补上。同时，要看看从不同地方收集来的关于同一个变量的数据是不是矛盾，得保证数据是一致的。
再就是要用科学的分析方法。
可以用统计分析的方法。根据变量是能用数字表示的定量变量，还是像性别、职业这种定性变量，以及数据的分布特点，选合适的统计方法来看看因果关系对不对。要是两个变量都是定量的，像研究经济增长（用国内生产总值 GDP 衡量）和固定资产投资的因果关系，可以先算一算皮尔逊相关系数，看看它们有没有关联。要是想进一步确定因果关系，就得用回归分析，看看固定资产投资对 GDP 增长有多大影响，同时还要把其他可能影响 GDP 的因素控制住，像劳动力投入、技术进步这些。
要是变量是定性的，比如研究教育程度（小学、中学、大学等）和就业岗位类型（体力劳动、脑力劳动）的因果关系，就可以用逻辑回归、列联表分析这些方法，看看不同教育程度对找到不同类型工作的可能性有啥影响。
要是条件允许，用实验设计来验证因果关系会更严谨。比如在医学研究里，要看看一种新药对治某种病有没有效果（因果关系），可以做随机对照实验。把病人随机分成两组，一组用新药治（实验组），一组用安慰剂或者现在常用的药治（对照组），同时把其他可能影响治疗效果的因素控制好，像病人的年龄、性别、病得重不重这些。然后比较两组的治疗结果，就能知道药和治疗效果之间有没有因果关系。在社会科学研究里，也能这样做，比如研究培训课程对员工技能提升的影响，把员工随机分成参加培训和不参加培训两组，控制好其他可能影响员工技能的因素，像工作经验、一开始的技能水平等，然后看看两组员工技能有啥变化。
最后，还得考虑因果关系的复杂性。
要想到可能有中介变量和调节变量。中介变量就是在自变量和因变量中间起传递作用的变量。比如研究工作压力（自变量）和员工离职意向（因变量）的因果关系，工作满意度可能就是个中介变量。工作压力大可能会让工作满意度降低，工作满意度低了，员工离职的想法就会增加。调节变量呢，是会影响自变量和因变量之间关系强弱或者方向的变量。比如研究领导风格（自变量）对团队绩效（因变量）的影响，团队成员的个性特点可能就是个调节变量。对于个性不一样的团队成员，同样的领导风格可能会让团队绩效不一样。
有些因果关系不是马上就能看出来的，可能会随着时间变。比如研究教育投资对经济发展的长期因果关系，要知道教育投资的效果不会一下子就在经济指标上显示出来，得经过一段时间，通过培养人才、技术创新等好多环节，慢慢影响经济发展。而且，因果关系可能会因为外面环境变了而跟着变。就像研究企业战略（自变量）和市场竞争优势（因变量）的因果关系，要是市场环境变了，比如竞争对手有了新战略，或者出现了新技术，那企业战略和市场竞争优势之间的因果关系也会不一样。